L'Aned è retta da una Presidenza e da un Consiglio nazionale.

La Presidenza è composta da:

Gianfranco Maris, (ex deportato a Mauthausen e Gusen), Presidente;
Maria Bolla, (familiare), Vice Presidente;
Dario Venegoni (familiare), Vice presidente;
Guido Lorenzetti (figlio di un caduto a Mauthausen), Tesoriere;
Miuccia Gigante (figlia di un caduto alla Risiera di San Sabba), Segretario Generale.

La presidenza, a norma di statuto,"cura l'esecuzione delle deliberazioni del Consiglio nazionale e ha il diritto di controllo sull'attività delle sezioni", oltre a sovrintendere all'ordinaria amministrazione.

L'ultimo congresso ha eletto anche un Comitato d'onore, composto da:

Enzo Collotti, storico, Firenze
Bianca Paganini, Ravensbrück, La Spezia
Paolo Bruno Spezzotti, Dachau, Udine
Italo Tibaldi, Mauthausen, Vico Canavese.

Il Congresso nazionale di Marzabotto (26 e 27 settembre 2008) ha nominato anche un Comitato consultivo così composto:

Dario Venegoni, familiare, coordinatore
Franco Busetto, Mauthausen
Divo Capelli, Amico dell'ANED
Alessio Ducci, familiare
Laura Geloni, familiare
Giovanna Massariello, familiare
Raimondo Ricci, Mauthausen
Giuseppe Valota, familiare

Il Consiglio nazionale si riunisce almeno una volta l'anno e ha "potere deliberativo su ogni materia concernente la vita dell'associazione".

Il Congresso nazionale viene convocato di norma ogni 4 anni. L'ultimo, il 14° nella storia dell'Aned, si è riunito a Marzabotto il 26 e 27 settembre 2008. I precedenti si erano riuniti alla Risiera di San Sabba (2004) e a Mauthausen (2008).

L'Associazione edita un giornale, "Triangolo Rosso", che esce di norma 4 volte l'anno e che si riceve esclusivamente per abbonamento. Il giornale è diretto da un comitato di redazione, di cui è coordinatore Ibio Paolucci. Direttore è il presidente dell'Aned Gianfranco Maris.

L'ANED ha fin dal 1997 un proprio sito ufficiale, fondato e diretto da Dario Venegoni.